免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）開始作為傳統親和柱色譜的改進方法而開發，包括將樣品、洗滌溶液和其他溶液通過固定有靶點特異性抗體的多孔樹脂（通常為瓊脂糖）柱。我們將少量樹脂加入到微量離心管中，并采取間歇式孵育，取代了重力式填充柱的免疫沉淀方法。在每個步驟中，將溶液加到填料中，然后混合并共同孵育（即，填料微球懸浮在溶液中）。在每個孵育步驟的后，通過離心使填料沉淀到管底，用移液器移除溶液。
與柱式親和色譜層析不同，免疫沉淀的目標是僅分離足夠用于蛋白免疫印跡分析或其他半定量或定量檢測方法的蛋白質。通常，對已處理和未處理的樣品進行比較，可評估目標蛋白的相對量。
免疫沉淀重要的一個目標是獲得信噪比低，背景干凈的結果。在實際應用中，改變某些參數可提高成功率。其中之一是優化抗體。蛋白A/G瓊脂糖的使用雖然能得到可靠的結果，但是，直接將抗體和瓊脂糖相連可降低背景，從而提高質量。此外，抗體與細胞抽提物的比例在很大程度上影響了結果的好壞。
如果有交叉反應，需要用親和層析來純化抗體。此外，還有一些降低背景的方法。首先，可在沉淀和洗滌的過程中增加鹽和去污劑的濃度來降低非特異性結合；其次，可增加洗滌的次數，但是這種方法有可能同時減少相互作用的特異結合蛋白；第三，細胞抽提物可與蛋白A/G-Sepharose進行預先孵育，這樣可去除與固相成分結合的非特異蛋白；第四，裂解液和沉淀緩沖液中都可加入1％牛血清白蛋白（BSA）來減少非特異結合。后，提高細胞抽提物中目標蛋白的含量或表達量，也可加強信號的強度。
